抗生素和抗菌药物均具有抑制或杀灭细菌、真菌等病原微生物的作用。在日常生活和临床使用中，这两个名词常被混用，但从严格的专业角度讲，这两个名词是有明显区别的。
抗生素是指由细菌、真菌或其他微生物在生活过程中所产生的具有抗其他微生物作用的活性物质。抗生素依据作用对象以及功能的不同，可分为3种：1.抗细菌作用的抗生素，如青霉菌属所产生的青霉素；2.抗病毒类抗生素，如治疗单纯性疱疹的阿糖腺苷；3.抗真菌类抗生素，如治疗深部真菌感染的两性霉素b。
抗菌药物包括抗生素及化学合成类抗菌药物两部分，前者包括青霉素、头孢菌素、链霉素等；后者为完全由化学方法得到的抗菌药物，主要包括磺胺类、喹诺酮类等。